莫纳什大学由十个院系组成，其中包括：商业与经济， 工程，信息技术， 医学，护理和保健， 艺术和设计，科学，法律， 教育，人文等，以上十个院系均设有本科，硕士及博士生课程。
文科/社会科学：各种语言学、亚洲研究、欧洲研究、澳大利亚研究、新闻学、编辑学、社会学、社会工作、社会福利、图书馆管理、表演艺术、视觉艺术、陶艺、音乐、平面设计、工业设计等。
商学：应用金融、会计、精算学、银行金融、财务管理、计量经济、农业经济、企业管理、国际贸易、经济、MBA、工业关系、商用电脑、饭店管理、旅游观光等。
电子计算/电脑资讯：电脑科学、电脑系统分析、电子传讯、商用电脑、电脑电子工程学等。
教育：幼儿/小学/中学教育、特殊教育、英语教学、教育心理、教育研究与管理等。
工程：化工、土木、电机/电脑、材料、机械、工业、结构、环境、水利及交通工程等。
科学：生物、心理、应用心理、行为科学、环境科学、应用科学等。
法律：法律、大法官学等。
医学：心理医学、生殖学、免疾学、性病学、传染病学及生物统计学、微生物学、职业健康、护理、助产、公共卫生、药剂学、药理学、生物医学等。
